Djurgården har fått sitt namn från den jaktpark, med dovhjort och rådjur, som hertig Johan son till Johan III lät uppföra 1606. Djurgården utvidgades 1616 och var i drift till början av 1700-talet. Hjortarna skickades levande med släde till Stockholm där den mycket jaktintresserade Karl XI låtit uppföra den nya stora kungliga djurgården.
Arkeolog Gert Franzén har på uppdrag av Linköpings kommun mer i detalj studerat Djurgårdens spännande historia. Bland mycket annat intressant visar rapporten att Djurgården huvudsakligen inte tillkom genom markavträde från gårdarna Valla och Smedstad som tidigare antagits utan att en sedan tidigare avvecklad by, Löt, och den så kallade stadsängen var den mark som initialt togs i anspråk för den nya djurgården.
Fornlämningar från äldre järnåldern
Fornlämningsmiljön på Djurgården utgörs mestadels av lämningar från äldre järnålder. Djurgården är ur fornlämningssynpunkt stört av äldre tiders åkerbruk och under 1900-talet av den militära verksamheten i högre grad än exempelvis Tinnerö ängar. Den bäst bevarade och sammanhållna miljön i området ligger i Domprostehagen och utgörs av två mindre gravfält, två stora stensättningar, en boplats samt ett par stensträngar. Öster om Djurgårdens ägor finns även en skålgropslokal. Skålgropar brukar räknas till fornlämningstypen hällristningar vilka daterar sig till bronsålder, dock är det belagt att just skålgropen använts både före och efter denna tidsperiod.
Gert Franzén har även visat att järnåldersboplatser med tillhörande fornåkrar finns i både Ekbacken och Djurgårdskullen.
Bebyggelse
Inom reservatets område finns endast en byggnad med kulturhistoriskt värde. Det är ett sädesmagasin i 2 ½ våningar i västra delen av Djurgårdskullen. Magasinet som sannolikt uppförts 1896 har liggande rödfärgad panel och ockragula dörrar och fönsterluckor.